Do lado do software em 99% de todos os casos, o processador multicore não é diferente do sistema multiprocessador.
Em alguns casos, pode haver uma vantagem no campo multicore porque a comunicação entre os núcleos é mais rápida do que nos sistemas multiprocessadores.
Por outro lado, em computadores que precisam de grandes quantidades de RAM, sistemas multiprocessadores podem ser melhores, pois você pode atribuir RAM a cada processador para controlar suas próprias tarefas e, assim, aumentar a quantidade de RAM disponível.
Mais uma vez, os processadores multicore, como os usados pelos computadores pessoais de hoje, são totalmente capazes ou executam várias tarefas ao mesmo tempo e não haveria quase nenhuma vantagem em ter um sistema multiprocessador.
Observe também que a carga é controlada pelo kernel do sistema operacional. Ele pode decidir que, em um sistema multicore ou multiprocessador (que é o mesmo do ponto de vista do sistema operacional e do aplicativo), será melhor para todo o sistema dedicar o restante dos núcleos a alguma tarefa diferente da varredura de vírus.
Outro ponto de vista é o HDD. Ele não pode ler fisicamente dois arquivos ao mesmo tempo, então será um grande fator limitante. Alguns softwares antivírus podem copiar arquivos para a RAM primeiro e tentar digitalizá-los em paralelo, mas não haveria melhora no desempenho, porque normalmente o fator limitante é a velocidade do disco rígido, portanto não há necessidade de ocupar a memória RAM.
Você sempre pode digitalizar arquivos paralelos em diferentes discos rígidos e melhorar o desempenho dessa maneira. Eu não tive problemas com a digitalização em dois diretórios paralelos em dois HDDs diferentes usando o Avast 6.