escreva um script de shell como este:
nohup mySimulator inputs1.txt
nohup mySimulator inputs2.txt
while (ps -A | grep -v grep | grep mySimulator > /dev/null); do sleep 1; done
nohup mySimulator inputs3.txt
Em seguida, execute-o a partir do shell
Ele dispara dois simuladores e aguarda até que não haja mySimulator na lista de processos e continue.
(Isto foi executado em um Mac, então, dependendo do seu sistema operacional, pode ser necessário um pouco de ajustes ... ps -A deve imprimir uma lista de todos os processos em execução)