Existe um recurso embutido para isso no Komodo, mas é difícil de encontrar.
Clique com o botão direito do mouse na guia Edit
e selecione Current File Settings
. Em File Settings
, altere "Endings de Linha" para UNIX (\ n) e desmarque "Preservar Endings de Linha Existentes".
Isso é bom para arquivos individuais, mas seria um pouco trabalhoso se você estivesse tentando fazer vários arquivos como um lote. Para isso, você pode incluir algumas das sugestões do swatso33 em um comando salvo usando atalhos de interpolação .
UPDATE (2014-10-13): Agora há uma opção: Clean Line Endings
na guia Code
.