Atualmente estou trabalhando com o Eclipse 3.6.1, mas isso foi em um lugar semelhante em versões anteriores. Há um pequeno triângulo descendente na parte superior direita da visualização Problemas. Clicando isso traz um menu com "Configurar Conteúdos ..." como uma das opções. Isso permitirá que você altere o que está aparecendo na exibição.
Se os erros não parecem corretos ou não estão sendo atualizados corretamente, pode ser necessário atualizar o projeto, executar uma limpeza / reconstrução no projeto ou fechar o arquivo java e reabri-lo.