O Ubuntu usa o vixie-cron, que, além de /var/spool/cron , também procura em /etc/crontab e /etc/cron.d/* .
<Edit> De acordo com sua atualização, você tem quatro cronjobs em /etc/crontab . Eles estão sendo executados por cron em seus horários especificados, e é isso que causa as mensagens do syslog.
cron em si não sabe nada sobre /etc/cron.hourly/ , apenas corre run-parts , que lida com o referido diretório. No que diz respeito ao cron , o trabalho cd / && run-parts --report /etc/cron.hourly é exatamente igual a outro trabalho, programado para ser executado por hora. Não é não magicamente ignorado.