Depois de algumas tentativas e erros, consegui fazê-lo funcionar. Primeiro de tudo, eu atualizei meu kernel para a versão de backports do Debian (2.6.39-bpo.2-amd64), então eu configurei o modo do controlador para o AHCI e depois, ele foi detectado no momento da inicialização. Espero que seja estável e não tenha problemas.
Após alguns dias, posso confirmar que está estável e que não tive problemas com isso. A velocidade de transferência parece boa.