Eu recomendo que você coloque um arquivo .desktop na pasta ~/.config/autostart de cada usuário que irá chamar o script de configuração do iniciador. Como alternativa, coloque o arquivo .desktop em /etc/xdg/autostart para que o script seja executado para cada usuário, mas você precisará capturar o nome de usuário e localizar a configuração do ativador de usuário em algum tipo de banco de dados. Eu pessoalmente uso o script Python que lê o arquivo json com username: launcher list valies, porque é simples.