Normalmente, a maneira como isso é feito é algo assim:
1) Matriz RAID com 1 ou mais unidades redundantes (assim, RAID 5 ou 6) - permitindo que uma ou duas unidades falhem ao mesmo tempo sem perda de dados. Às vezes, isso é feito com o RAID 10, que é efetivamente dois arrays, você pode perder mais drives, mas somente se eles são de diferentes matrizes. Dado o resto do esquema, 5 ou 6 devem estar ok. Depende da quantidade de dados, custos, requisitos de desempenho, etc.
2) Backup externo: basicamente, pegue uma cópia completa dos dados e armazene-os em outro lugar.
Em relação ao roubo, você precisa permitir a segurança dos dados, para que o backup externo, pelo menos, use criptografia de disco completo (se aplicável).
Com relação a sua configuração atual (e a proposta), é necessário permitir exclusões acidentais? Você precisa ter certeza de que remover um arquivo não o removerá automaticamente de todas as outras cópias. O mesmo vale para a corrupção de arquivos.
Se você usar o RAID 1 (ou seja, espelhamento), deve ser possível trocar as unidades e sincronizar automaticamente os dados, mas pessoalmente, eu não faria isso pelas razões acima. O que eu faria (e de fato faço) é usar o RAID 5 para ajudar em falhas de hardware, fazer uma cópia manual uma vez por mês, que fica no site, e uma cópia criptografada uma vez a cada 3 meses, que sai do site. Se os meus dados fossem muito importantes, provavelmente usaria o RAID 10 em vez de 5, mas os tempos de restauração não são um problema para mim.
Re: tempos de restauração. Não é possível ter todo o array externo em uma unidade criptografada, mas você pode arcar com o tempo de inatividade para restaurá-lo?
Quanto à troca de unidades, eu uso um gabinete que contém as unidades e possui um slot que leva uma unidade SATA. Pop-lo, faça o backup, e aperte o botão de ejeção. Feito! Drives SATA são úteis assim como você pode trocá-los.
No geral, eu diria que sua abordagem de backup incremental, combinada com o RAID 5 e um offsite (talvez criptografado) seria boa o suficiente. Mas pratique habilidades de RAID em uma máquina virtual ou similar, como se você precisasse, você pode realmente precisar dela.