infelizmente, isso não é possível atualmente, embora esforços estejam sendo feitos para tornar possível o ATM. Enquanto isso, acho que o Ubuntu MATE com compiz pode ficar embaçado por trás do windows:)
Para expandir essa resposta, o plasma do KDE agora fica muito bonito atrás das janelas e também tem um sistema de temas bem legal:
Aqui está o meu desktop! você pode conferir como consegui isso aqui: link