De acordo com este , havia um limite de 1k caracteres por célula no Excel 2003, que aumentou para 32k caracteres por limite de célula no excel 2007. Se o seu programa estiver programaticamente criando um arquivo excel 2003 (.xls) e não um excel 2007 (.xlsx), isso pode estar causando o problema, pois o formato .xls não suporta mais de 1k caracteres por célula .
Você não deve ter problemas com um formato XML ou XLS indo diretamente para o Excel 2007, já que o limite do Excel 2003 não deve estar envolvido, mas não posso testá-lo, pois não possuo o Excel 2007, mas espero que isso tenha sido útil independentemente.