Como você está usando o iMovie 09, não precisa se preocupar com isso.
Quando você vai Compartilhar > O YouTube tem 4 tamanhos diferentes para escolher (480x360, 640x480, 720x540 e 1280x720).
Dependendo do seu vídeo de entrada, nem todas as opções podem estar disponíveis.
Você deve escolher a melhor qualidade possível, o iMovie exportará e fará o upload, e o YouTube postará o processo em um tamanho menor, se necessário.