O Tomato parece ter tudo o que você quer, é bastante simples e focado em pomodoros, mas você pode escolher a duração do trabalho e os intervalos, e pode fazê-lo se esconder na barra de tarefas: link
sudo add-apt-repository ppa:stvs/tomate
sudo apt-get update
sudo apt-get install tomate
(A propósito, esta informação foi tirada daqui: link .)