Você pode usar o utilitário MS "Setx" para fazer alterações permanentes na linha de comando.
Veja um link direto para a versão do Windows 2000 (funciona no XP, etc.).
Você também pode obtê-lo no Windows XP Ferramentas de Suporte do SP2 .
It is not part of the standard Windows XP setup but a command-line tool called setx.exe is included in the Windows XP Service Pack 2 Support Tools. This tool extends the set command so that permanent changes in the environment variables can be made. For example, to add a folder C:\New Folder to the path, the command would be setx path "%PATH%;C:\New Folder"