Sim, você pode executar chkdsk /f
para corrigir os erros em toda a unidade e há chances muito pequenas de perder seus dados. Nesse caso, você pode fazer backup de seus dados. Para backup, você pode usar HDD externo ou DVD.
Além disso, você precisa executar o utilitário defragment
fornecido pelo Windows, que ajudará a aumentar a velocidade do seu sistema. Faça o download do Limpador CC e analise seu sistema em busca de arquivos inúteis e os exclua, ele também ajudará você a fazer isso rápido.