Acontece que foi o novo recurso Steam "Xbox Configuration Support". Eu o desativei e agora o controlador não faz nada no Windows e todos os meus jogos funcionam novamente.
Antes (com problema):
Após(semproblema):
Eu tenho um controlador do Xbox One Elite e hoje notei mover os scrolls em aplicativos padrão do windows. Não tenho aplicativos instalados que permitam esse comportamento (xpadder, joy2key, gopher, etc). Estou no canal "Release Preview" do programa interno, por isso não tenho a certeza se esta foi uma nova atualização ou o quê.
Temo que esteja causando problemas no Steam, por isso quero descobrir como desativar esse comportamento.