Em um caso como este, pode-se usar um editor hexadecimal e pesquisar se há uma sequência anormalmente longa de 00s interrompendo uma área de dados complexa. Normalmente, se em algum momento você vê um múltiplo de 512 bytes de dados em branco, começando em um deslocamento múltiplo de 512 em relação ao início do arquivo (limite do setor), em uma área onde deveria haver caracteres (aparentemente) aleatórios (se for um arquivo binário), ou uma sequência legível de caracteres (se for um arquivo de texto), então você pode ter certeza de que alguma corrupção ocorreu.
É claro que, para que isso seja administrável, pelo menos, exigiria pelo menos um dos LBAs dos setores defeituosos, não é praticamente possível verificar cada arquivo como este. O melhor curso de ação se houver setores defeituosos em uma unidade de armazenamento é primeiro cloná-lo com uma ferramenta adequada (o ddrescue é frequentemente recomendado), então executar o CHKDSK ou qualquer outra ferramenta projetada para tentar uma conserto de lugar, que pode suceder ou falhar, mas nunca informará explicitamente qual foi o resultado real. Caso contrário, a única maneira razoável de detectar esses erros é ficar atento a qualquer tipo de falha ao ler / reproduzir / executar os arquivos que foram armazenados naquele dispositivo e, depois, verificá-los com o método indicado acima.