Os setores defeituosos reais são uma propriedade do material físico na unidade e não são copiados. Em outras palavras, se você tem dez setores defeituosos no disco rígido A e cinco em B, e você clona A em B, B ainda tem exatamente os mesmos cinco setores ruins que ele fez antes do processo de clonagem.
Eu diria que o disco rígido em si (ou qualquer processo do tipo checkdisk executado na unidade) irá mapear esses setores em outro lugar para que o software de clonagem não tente gravar dados para eles, mas isso não tem impacto setores defeituosos reais presentes na unidade e não altera a resposta à sua pergunta.
Você tem um problema, no entanto. Se o disco rígido que você está tentando clonar tiver muitos setores defeituosos, os dados podem ter sido perdidos. Então você provavelmente é melhor se reinstalar de qualquer maneira e mover seus dados depois.