O equivalente do linux / etc / skel do IIRC OS X é
/System/Library/User\ Template/English.lproj
Contanto que suas personalizações sejam armazenadas na pasta base do usuário, colocá-las aqui deve fazer com que elas sejam copiadas junto com o restante dos padrões quando você criar um novo usuário. Tudo o que você precisa fazer é encontrar o arquivo de configuração que controla o que você deseja definir como padrão e, em seguida, copiar a versão pré-configurada sobre o padrão nesse diretório.
EDITAR
Obrigado ao Gordon Davisson pela adição.
Observe que a pasta de modelos é de propriedade de root e qualquer adição que você fizer também deve ser feita. Então, se (por exemplo) você quisesse copiar as preferências do Dock da sua conta para o modelo, você usaria
sudo cp ~/Library/Preferences/com.apple.dock.plist /System/Library/User\ Template/English.lproj/Library/Preferences