Os discos rígidos são, para o que importa para esta questão , feitos de placas giratórias e uma cabeça de leitura magnética, que se move para ler o disco. Esta cabeça é fixada em um braço móvel e está posicionada bem perto do disco.
Se você agitar o HD, a cabeça pode tocar sua superfície. Então, isso causará danos. No longo prazo, isso vai piorar, já que os danos micro e mini- e regulares serão acumulados.
Portanto, nunca agite um HD em execução.
Algumas imagens e informações podem ser encontradas aqui e aqui