Por linha de comando das configurações do usuário:
% reg add KEY /v JAVA_HOME /t REG_SZ /d "C:\java\jdk-1.4"
Para configurações somente do usuário, substitua KEY por:
HKCU\Environment
Para configurações por máquina, substitua KEY por:
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Environment
(Atenção: há um espaço na última chave, cite-o com "
!)