Talvez você tenha criado atalhos por algum editor de menu / atalho, no meu caso é alacarte . Descobri que quando eu removo os atalhos do menu pelo alacarte, ele não remove o arquivo .desktop em ~/.local/share/applications/ , mas apenas define o sinalizador hidden=True , o que o gnome-do de alguma forma não reconhece, portanto, ele ainda exibe esse atalho. Portanto, certifique-se de que o arquivo .desktop foi excluído junto com a remoção do ~/.local/share/gnome-do/ directory