Você precisa executar o programa no modo de compatibilidade do Windows Vista. Isso fará com que ele minimize a bandeja ao pressionar o botão 'x' para fechar.
Se você clicar com o botão direito do mouse no aplicativo no menu Iniciar, selecione Propriedades e, em seguida, a guia "Compatibilidade", você encontrará o menu suspenso para alterar essa configuração.
Isso também funciona para o Windows Live Messenger