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Mas isso ainda abrirá o IE para o site. A única outra maneira de fazer isso é ler resmas de artigos da base de conhecimento do MS Server 2003 para encontrar todos que incluam um download de atualização do windows, referência cruzada para atualizações que já estão instaladas no computador yoru e baixar cada atualização da Microsoft. baixar site e instalá-lo manualmente. Levaria um ano ou mais para terminar.
Talvez pudéssemos fazer um pouco melhor se entendêssemos sua motivação para o pedido.
Atualizar
Como eu penso, o site de atualização do Windows funciona executando um controle ActiveX. Você pode criar outro programa que hospede esse controle, mas duvido. E mesmo se você o fizesse, o controle ainda precisaria se conectar ao site de atualização do Windows da Microsoft para baixar os patches.