Acontece que este é um problema conhecido.
KB2345131: The logon screen appears two times when you resume Windows 7 from Sleep or Hibernation
The logon screen may appear two times. Therefore, you have to enter your credentials two times.
This issue occurs when there are multiple pending lock signals to be processed when the user is logging in. In this situation, the WinLogon state machine logs the user off.
A Microsoft lançou um hotfix preliminar. Como é apenas preliminar, e a maioria das instalações não enfrenta esse problema, o hotfix não foi liberado no canal de atualizações automáticas normais, motivo pelo qual o problema não foi corrigido automaticamente ainda. Você pode baixar o hotfix da Microsoft e instalá-lo manualmente.
Instalei o hotfix em nosso computador que estava com esse problema e, depois de três dias, o problema ainda não reapareceu, então parece que essa correção funciona.