As entradas do registro que você deve analisar especificamente são:
HKEY_CLASSES_ROOT\*\shell (for specific file types)
HKEY_CLASSES_ROOT\*\shellex\ContextMenuHandlers (also for specific file types)
HKEY_CLASSES_ROOT\AllFileSystemObjects\ShellEx (for all context menus)
HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell (for folders)
HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shellex\ContextMenuHandlers (also for folders)
Lembre-se sempre de fazer backup do seu registro antes de editá-lo, indo para Arquivo > Exportar ... no aplicativo regedit.exe.
Ou se você preferir fazer isso usando um aplicativo (o que aparentemente você não faz, mas eu colocarei aqui de qualquer maneira):
Você pode usar ShellExView e ShellMenuView para ver uma lista de todos os itens de menu de contexto atuais (e antigos, desde que as entradas não tenham sido removidas) e desativá-los ou ativá-los a partir de lá.
Fonte: Geek How-To