A resposta real é que depende.
Se o seu e-mail estiver armazenado no Exchange, o que geralmente é o caso em um ambiente corporativo, você será limitado pela quantidade de espaço disponível em sua caixa de correio e por quaisquer restrições impostas ao servidor por seus administradores. Nesse cenário, seria melhor entrar em contato com eles e perguntar se eles têm alguma limitação.
Se for local da sua máquina, em um arquivo PST, a única limitação é a quantidade de espaço em disco que você precisa armazenar dados. O número de pastas não é restrito.
Cuidado, no entanto, muitas pastas podem se tornar difíceis de gerenciar e podem se tornar um problema ao usar um dispositivo móvel ou um navegador da Web para acessar sua conta se ela estiver em uma rede corporativa.