Você precisa definir os delimitadores usados para dividir a linha em tokens para que os espaços não sejam incluídos. Algo como "delims =?" Logo após o / f. Basta usar um caractere que é ilegal em nomes de arquivos (e * são bons candidatos)
FOR /F "delims=?" %%F in ('dir /b /s "%Dir%\Run.*.dll"') DO ECHO "%%F"
Lembre-se de colocar aspas duplas em torno do %% F nos seus comandos reais, pois a variável expandida também terá espaços.