Isso realmente depende do software ClickOnce instalado, mas a resposta curta provavelmente não é.
Se os criadores de software não integrassem esse tipo de funcionalidade ao aplicativo como uma configuração, encontrar o executável e associá-lo ao tipo de arquivo ainda pode falhar porque provavelmente eles não criaram o aplicativo para iniciar com um arquivo passado como um parâmetro "arquivo aberto".
No entanto, se você quiser tentar, poderá procurar o executável em um dos seguintes diretórios. Note, estes são parte do cache ClickOnce. O cache é um pouco ofuscado, então a investigação será necessária.
Windows XP
C:\Documents and Settings\[Username]\Local Settings\Apps.0\[Random Folder Name]\[Another Random Folder Name]\[Hunt until you find it.]\the-apps-executable.exe
Windows Vista +
C:\Users\[Username]\AppData\Local\Apps.0\[Random Folder Name]\[Another Random Folder Name]\[Hunt until you find it.]\the-apps-executable.exe
A filosofia por trás do ClickOnce é um pouco diferente dos programas normais instalados em "C: \ Program Files". Ao instalar o aplicativo no diretório do usuário, o aplicativo pode ser instalado sem ter direitos de administrador e o sistema de atualização automática pode funcionar sem problemas de segurança.
ClickOnce é realmente apenas um mecanismo de instalação de software. Eu gerencio um aplicativo muito robusto que publico através do ClickOnce porque eu preciso ter a capacidade de forçar atualizações para o meu usuário. No que diz respeito às limitações, o software só tem acesso garantido a algumas pastas dentro da pasta de trabalho do usuário para armazenamento de dados.
Os aplicativos do ClickOnce não são restritos de forma alguma pelo mecanismo C1 em relação ao que eles são e não têm permissão para fazer. Eles são restritos apenas pelos direitos do usuário. Se você tiver o controle do sistema do usuário final, poderá fazer o que quiser com um aplicativo C1. Se você está desenvolvendo para uma ampla gama de usuários, em diferentes ambientes, então você precisa desenvolver sua aplicação com a suposição de que você está rodando em uma sandbox limitada.O desenvolvedor, Evan Wondrasek , diz que por padrão:
MarkdownPad (should) associate itself with .md, .mdown, and .markdown filetypes. You can manually associate filetypes with the MarkdownPad executable (it handles both ClickOnce and standard Windows args), but there is one major caveat when manually associating filetypes to the executable: When using the executable directly, the application will NOT be running in "ClickOnce mode" and will no longer receive automatic updates. You can verify this by going to Help -> About and "Not Deployed via ClickOnce" will be listed next to the version number.