Você não diz qual app de calibragem está usando, mas descobri que usando xinput_calibrator o aplicativo exibe um snippet de código para você cortar e colar em um arquivo de persistência. O problema é que a localização correta desse arquivo (se você estiver usando o Ubuntu) NÃO é a mesma que ele prescreve. A localização correta no Ubuntu está em /usr/share/X11/xorg.conf.d/ .
Depois de criar o arquivo 99-calibration.conf no local correto, fazer logout e login novamente não deve afetar a calibragem.
Você pode baixar e instalar o xinput_calibrator via apt-get dos repositórios do Ubuntu:
sudo apt-get install xinput-calibrator