Para percorrer todas as pastas e subpastas na unidade D: e copiar .pdf
arquivos para C: \ myfolder sem subdiretórios, tente isto:
C:\>for /R D:\ %G IN (*.pdf) DO xcopy "%G" C:\myfolder\
Para substituir arquivos existentes sem um prompt de confirmação, use XCOPY / Y
C:\>for /R D:\ %G IN (*.pdf) DO xcopy /Y "%G" C:\myfolder\