Medir o ganho de desempenho da desfragmentação é bastante difícil, no entanto, existem alguns utilitários que servem para "ajudá-lo" com ele.
Existe o utilitário chamado "File Access Timer", da Raxco, disponível aqui . Essa ferramenta lerá um determinado arquivo / pasta por um determinado período de tempo e exibirá quanto tempo demorou, junto com os fragmentos.
Trecho do readme
The File Access Timer allows you to select a file or folder and read the contents several times in order to measure the performance gain achieved through defragmentation. The general process is to select a fragmented file, read the file using Raxco's File Access Timer, defragment the file, and re-measure the time needed to read the file. By doing this you can see the benefits of defragmentation for yourself.