Você pode executar arquivos LNK do Windows a partir do Cygwin usando o utilitário cygstart
, parte de cygutils package , como segue:
cygstart [OPTION]... FILE [ARGUMENTS]
Veja cygstart --help
para as opções disponíveis.
O seguinte deve ser suficiente no seu caso:
cygstart /cygdrive/e/Apps/uniserver.lnk