Disabling Packages
To temporarily disable packages, you can add them to the ignored_packages list in your Packages/User/Preferences.sublime-settings file. Packages will be loaded or unloaded as needed when the settings file is saved.
Fonte: Documentação não oficial de texto sublime
Para responder à sua pergunta. Sim, você pode tentar desabilitar pacotes para destacar o que causa seus problemas de desempenho; sem desinstalar nenhum dos pacotes.