O MSRT (que é o nome abreviado comum para a ferramenta que você está falando) foi criado devido a uma onda de Morte da Tela Azul que aconteceu após as atualizações do Windows alguns anos atrás. Essas BSODs foram causadas porque o malware tinha hard-coded hooks nas DLLs do kernel, quando essas DLLs do kernel atualizavam os endereços e faziam as telas azuis acontecerem.
Como as pessoas começaram a ficar incomodadas com a Microsoft e começaram a usar o PR incorreto para "Windows Updates causando telas azuis", elas começaram a liberar o MSRT e executaram algumas verificações durante o processo de atualização para garantir que nenhum malware fosse instalado. reinicialize após uma atualização do Windows para a tela azul.
O MSRT não é um IMHO antivírus, pense nele mais como um "verificador de integridade" para ajudar as atualizações do Windows a saberem que é seguro modificar os arquivos do sistema sem danificar o computador.
(Eu não tenho fontes diretas para fazer o backup de minhas declarações, acho que me lembro de ouvir isso de uma segurança agora podcast mas não tenho certeza de qual episódio foi.)
Quanto a se preocupar em desacelerar as coisas, o MSRT não é um scanner constante como a maioria dos softwares antivírus. Ele só executará uma varredura "rápida" após a primeira reinicialização após a atualização (atualizações são feitas uma vez por mês), mas você também pode fazer uma varredura completa manual executando mrt.exe manualmente a partir de uma caixa de diálogo de execução.