Fiz algumas experiências, e parece-me que o LibreOffice sempre colocará seus gráficos no formato da página (e eu não tenho certeza se isso é uma escolha errada, de qualquer forma).
Mas descobri que se você usar Arquivo → Exportar como PDF , poderá verificar a seção Selection in Range para exportar apenas os elementos selecionados, mas sempre os colocará no formato de página original.
Mas depois de criar seu arquivo PDF, você pode cortar automaticamente áreas em branco usando ferramentas cli como pdfcrop , conforme descrito aqui: link
Por exemplo, você pode cortar illustration.pdf deixando uma margem de 5 pontos com:
pdfcrop --margin 5 illustration.pdf
Existem também aplicações gráficas que podem cortar arquivos PDF, como Briss . Para ferramentas semelhantes, consulte também o link
No Mac OSX, você ainda pode usar Preview.app para cortar arquivos PDF. Basta usar a ferramenta de seleção retangular nos menus, selecionar a área desejada e usar a ferramenta de corte no mesmo menu.