Os arquivos provavelmente acabaram em %LOCALAPPDATA%\VirtualStore
. Eu tive um problema semelhante com alguns programas que salvou em uma pasta protegida (Arquivos de Programas) sem elevar corretamente (UAC), no Windows Vista.
Veja aqui para mais detalhes.
De acordo com esse site, deve haver uma opção Compatibility files
no Windows Explorer. Eu pessoalmente nunca notei isso antes, mas ele aparece e funciona.
(Imagem obtida de site vinculado)