Primeiro (como foi dito na ajuda da Adobe ), certifique-se de está usando a versão de 32 bits do IE9. E verifique se o addon está habilitado no IE9. Existem muitas soluções nessa página de ajuda, acho que existe uma que se adapte à sua situação.
Eu tive o Reader 8, acabei de remover e instalei uma nova versão e agora funciona.