O problema que você tem pode ser aquele com o Syslinux não inicializando em alguns sistemas. Eu tive o mesmo problema recentemente em um netbook, enquanto nunca tive antes em qualquer outro lugar. Enquanto ele inicializou e instalou bem a partir do bastão, ele não inicializaria nem do stick nem do disco rígido depois.
O que eu fiz foi pegar o mais novo Syslinux 4.05 do link e atualizar o 4.04 no stick com ele, usando syslinux.exe como descrito nessa página no Windows. Logo depois disso, eu pude arrancar novamente do bastão e consertar a instalação.
Talvez isso ajude no seu caso também.