Eu acho que eles provavelmente são diferentes. Algumas verificações indicam que sim, elas são diferentes.
Eu não espero muita diferença no comportamento deles. O trabalho básico desses 446 bytes é identificar outra seção do disco que tenha código adicional para ser executado. Esse código adicional é normalmente armazenado dentro de uma partição. Algumas pessoas gostam de usar um "boot loader", como o GAG ou os que podem ser instalados com o XFDisk ou o RPM (Ranish Partition Manager), onde os 446 bytes faça algo um pouco diferente, como fornecer uma interface interativa para que o usuário possa optar por passar o controle para uma partição diferente. Basicamente, isso permite um "menu de inicialização" para que uma pessoa possa facilmente escolher inicializar a partir de um sistema operacional diferente, ativando opções de "inicialização múltipla" (para que uma pessoa possa inicializar facilmente diferentes sistemas operacionais).
Esse trabalho básico provavelmente não mudou muito em muito tempo. (No entanto, detalhes precisos sobre como ele executa a funcionalidade foram alterados.) Se tiver havido atualizações úteis com sistemas operacionais mais recentes, imagino que essas atualizações façam algo como suportar tamanhos de disco maiores. As chances são muito boas de que o código de inicialização de todos os lançamentos recentes do Windows (incluindo o XP) possa suportar até 2 TB, o limite do formato MBR.
(Devo observar que essa resposta se destinava a abordar sistemas que dependem do "MBR" para informações básicas de particionamento. Sistemas que usam GPT também podem ter um MBR que precisa atender a requisitos específicos especificados pelo padrão GPT.)
Atualizar
Eu tenho que concluir que versões diferentes do Windows têm algumas diferenças nos primeiros 446 bytes. A documentação mais interessante que encontrei até agora é TechNet: detalhes do Windows Vista: Bootsect Opções de linha de comando que mostram que o usuário pode especificar as opções / nt52 ou / nt60 para instalar versões diferentes do código de inicialização.
Pode haver mais também. Parece MSDN: compatibilidade de disco de formato avançado (4K) update "foi lançado para o Windows 7 SP1 eo Windows Server 2008 R2 SP1. Esta atualização contém muitas informações novas, algumas das quais são aplicáveis apenas ao Windows 8 e Windows Server 2012." Ainda não confirmei se os primeiros 446 bytes também foram alterados para essas alterações, mas a possibilidade parece strong, já que foram feitas alterações para permitir que o processo de inicialização tenha compatibilidade de hardware diferente.
Se você quiser mais detalhes sobre o que está nos 446 bytes, eu localizei alguma documentação sobre algumas versões mais antigas. Detalhes do setor de inicialização do Win2K é um documento mais antigo, que é mais recente que MS KB 140418: setor de inicialização para o Win NT 3.x .