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Basicamente você abre o VLC.
Clique no menu Mídia.
Selecione "Converter / Salvar ..."
Clique no botão "Adicionar ...".
Navegue até onde você tem os arquivos que deseja converter. Você pode selecionar vários arquivos mantendo pressionada a tecla CTRL enquanto clica.
Clique no botão "Abrir".
Clique no botão "Convert / Save".
Clique no botão "Procurar" para escolher onde salvar seus arquivos (caso contrário, ele salvará na pasta Windows \ System32).
Dê um novo nome ao arquivo e clique no botão "Salvar". Não se esqueça de incluir a extensão para que ela seja reproduzida corretamente.
Ao lado de Perfil, clique na caixa suspensa para escolher o formato para o qual deseja converter seus arquivos.
Por fim, clique em "Iniciar" para iniciar a conversão.