Para informações mais detalhadas sobre o exFAT, há um artigo: Faça a engenharia reversa do sistema de arquivos Microsoft exFAT (86 páginas PDF ) na sala de leitura do SANS.
Basicamente, não há função "converter" entre exFAT e outros formatos. Você não pode converter para exFAT, e você não pode converter exFAT para FAT. Apenas conversões para NTFS são suportadas.
No seu caso, você precisa copiar todos os seus arquivos para uma unidade de backup, reformatar o dispositivo USB e depois copiar os arquivos de volta. Mas tenha em mente que, se você tiver arquivos > 4 GB, eles não serão copiados para o dispositivo FAT32 porque o FAT32 não suporta.