Para excluir um arquivo em um diretório, você precisa ter permissão de gravação nesse diretório. Obviamente, os usuários estão criando diretórios sem que você tenha permissão de gravação. Nesse caso, a resposta para sua pergunta é não, você não pode fazer nada sem falar com o usuário em questão ou com o administrador do sistema.
No entanto, se eu fosse o administrador de sistemas, ficaria preocupado com o que você está fazendo. Não é normal que os usuários criem arquivos em outros diretórios de usuários. Existe uma maneira melhor de fazer o que você está fazendo? Por exemplo, o upload para um aplicativo da Web adequado daria melhor controle e também significa que você não precisa se preocupar com isso.