Você pode fazer backup e restaurar uma partição do sistema TrueCrypt se usar o software de criação de imagem que é capaz de ler e gravar no modo raw - copiando todo o byte da partição para byte sem considerar o sistema de arquivos subjacente . Você também precisa fazer o backup do MBR (registro mestre de inicialização) e, talvez, dos dados entre o MBR e a primeira partição.
E você não deve imaginá-lo ao executar o Windows, como o software de imagem "hot running", como o Acronis TrueImage. É necessário inicializar a partir de um disco separado (CD ou unidade externa) com o seu software de imagens e depois tirar a foto.
Eu usei o Clonezilla para fazer backup e restaurar uma partição raiz criptografada do Linux e MBR; Não vejo por que não deveria funcionar também com uma partição criptografada TrueCrypt.
Às vezes, o problema é apenas com o cabeçalho da partição TrueCrypt e a restauração apenas do cabeçalho pode resolver o problema. O TrueCrypt fornece a capacidade de fazer backup e restaurar o cabeçalho (você precisará inicializar com o disco de recuperação TrueCrypt ou outro Live CD para restaurar o cabeçalho).
Qual software você usou em suas tentativas de backup e restauração? Eu recomendaria o Parted Magic, que é um Live CD que contém utilitários de criação de imagem e particionamento de disco (incluindo o Clonezilla), e também inclui TrueCrypt.