A única diferença real é a aptidão.
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Se você usá-lo interativamente instale algo, remova o pacote em outra coisa e depois volte para o Aptitude, ele achará que você deseja reinstalá-lo. Você só precisa limpar as seleções quando elas são carregadas (fácil o bastante através do menu).
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Ele também executará um autoremove para que as dependências antigas sejam limpas. Isso pode ser perigoso se você acidentalmente remover algo que é dependente de um metapacote e você removê-lo e todos os seus deps. Isso não é um problema se você sabe o que está fazendo.