Certamente não há problema em criar outra partição para os dados do usuário (pasta base). Na verdade, isso é muito comum em sistemas operacionais baseados em * nix. Para fazer isso, basta seguir Instruções do Chealion:
Go to the Accounts Preference Pane in System Preferences, right click on your user and choose Advanced Options… and move your home directory to another partition, volume or even network share for more advanced users.
Se é aconselhável ou não é uma história completamente diferente, especialmente considerando as melhorias recentes no processo de instalação do OS X. Hoje em dia, se você quiser reinstalar o OS X Snow Leopard, basta inserir o DVD e seguir as etapas. Ele irá restaurar todos os componentes do sistema, deixando todos os seus dados de usuário e aplicativos em aderência. Acredito que ele arquiva todos os seus dados de usuário, instala o novo sistema e, em seguida, substitui os dados do usuário de volta à sua casa.
Mas ainda assim, fazer o backup de todos os seus dados no OS X é tão simples quanto copiar o diretório inicial, que não deve demorar muito para ser feito e restaurado. Você realmente precisa passar pelo incômodo de particionar (tendo em mente que você não deveria estar redimensionando partições à toa) se for apenas para uma ocorrência única (que agora é mitigada por causa do processo de instalação do Snow Leopard? )?