De Q & A: 64- Bit Internet Explorer de maio de 2009:
Q: Why isn't 64bit IE the default browser? Why can't I set the 64bit version of IE as the default browser?
A: This was an explicit choice made by the IE team, which may change
at some point in the future. The problem is that users might
inadvertently get "stuck" using the 64bit version and not realize it.
This might cause some problems.
Q: Why? What does not work properly with 64bit IE?
A: Browser addons, including BHOs, Toolbars, and ActiveX controls,
must generally be the same bitness as IE itself. So, if you are
running a 64bit version of IE, any site that uses, say, Adobe Flash,
isn't going to work until you install the 64bit version of the addon.
Sadly, almost no browser addons are currently available in 64bit
versions, although that's somewhat likely to change in the future as
64bit Windows becomes more prevalent.
Outro motivo pode ser que o IE9 de 32 bits também inclua um compilador de script Just In Time (JIT), que converte o script em código de máquina antes de executá-lo. Tanto quanto eu poderia encontrar, ainda não há compilador JIT para o IE de 64 bits, o que faz com que seja executado até 4 vezes mais lento.
Aparentemente, nada mudou desde 2009. Isso pode melhorar com o IE10 e o Windows 8.
A única solução que posso pensar para tornar o IE de 64 bits o padrão, é ir para "\ Arquivos de Programas (x86) \ Internet Explorer" e renomear iexplore.exe para outra coisa, como iexploreold.exe. Em seguida, vá para "\ Arquivos de Programas \ Internet Explorer" e copie o arquivo iexplore.exe da pasta e cole-o na pasta (x86). Ai.