A solução é alterar o espelho no arquivo sources.list. Por algum motivo, o espelho padrão não está funcionando.
Existem vários espelhos do servidor do repositório Kali Linux, todos espalhados pelo mundo. Cada vez que você interage com o repositório, por padrão, ele usará automaticamente o espelho que está mais próximo de você com base na sua localização de geoip (ideia sendo, isso dará a você a melhor velocidade devido a menos latência).
No entanto, você pode forçar manualmente o kali a usar um determinado espelho diferente do que está mais próximo de você.
Vá para link onde você terá uma lista de espelhos para escolher.
Primeiro faça backup do seu arquivo de origem atual
mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup
Em seguida, crie um novo arquivo sources.list
vim /etc/apt/sources.list
e digite o novo espelho.
Por exemplo,
o antigo arquivo sources.list era
deb http://http.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free
O novo arquivo sources.list pode ser
deb http://archive-2.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free
Aqui você tem que brincar um pouco para encontrar o espelho que funciona para você.
Em seguida, no tipo de terminal:
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt dist-upgrade