Primeiro de tudo, o Linux (o sistema operacional) não escolhe nada no que você descreve (então o título é bastante desligado), é o aplicativo em que você está clicando no arquivo ou o ambiente de área de trabalho que faz o escolha baseada em lógica e informação.
Você mencionou update-mime-database, que leva ao Gnome com algum googling, e esta página especificamente:
link (que é apenas uma réplica disso: link )
Each application that wishes to contribute to the MIME database will install a single XML file, named after the application, into one of the three /packages/ directories (depending on where the user requested the application be installed). After installing, uninstalling or modifying this file, the application MUST run the update-mime-database command, which is provided by the freedesktop.org shared database.
update-mime-database is passed the mime directory containing the packages subdirectory which was modified as its only argument. It scans all the XML files in the packages subdirectory, combines the information in them, and creates a number of output files.
E aqui está a pegadinha:
Where the information from these files is conflicting, information from directories lower in the list takes precedence. Any file named Override.xml takes precedence over all other files in the same packages directory. This can be used by tools which let the user edit the database to ensure that the user's changes take effect.
Assim, pode ser que, por causa do fato de Geany aparecer "mais abaixo na lista", tenha precedência. Mais abaixo aqui pode significar qualquer coisa, eu acho, desde a ordem alfabética dos respectivos arquivos até a ordenação entre algumas listas de aplicativos predefinidos.
Essa página também descreve o formato dos arquivos e também menciona que ferramentas adicionais podem estar disponíveis para manipular o banco de dados (Override.xml especificamente). Quanto a se tais ferramentas existem, pode valer outra pergunta.
Editar: Essa resposta sobre o uso de mimeopen
também pode ser útil, mesmo que talvez não se aplique ao seu gerenciador de arquivos específico:
link