Which one is better?
Ambos usam a mesma tecnologia. Se você criptografar o volume físico, tudo dentro do LVM será criptografado. Se você precisa / quer algo para não ser criptografado dentro do seu volume LVM, então você precisa deixar a criptografia de configuração nos volumes lógicos.
I'm afraid that by encrypting something I might be only encrypting some kind of metadata table and not the actual contents of my files.
Quase todos os instaladores basicamente configuram um volume DM-Crypt usando LUKS . Isso criptografa o conteúdo da partição inteira. Então é muito comum configurar o LVM dentro do volume criptografado para fornecer ao usuário a flexibilidade de ajustar as partições conforme necessário.
Is there any case where I'll want to have PV encryption + LV encryption?
Suponho que, se você fosse extremamente paranoico, talvez desejasse ter seu volume padrão de baixa segurança que tenha o sistema operacional e seus arquivos padrão. Em seguida, você pode ocultar seus arquivos extremamente super-duplos-positivos-superiores-secretos em um volume criptografado separado que só é montado conforme necessário. Se você montasse ambos os volumes na inicialização, então não faria sentido algum, você teria apenas a sobrecarga de coisas criptografadas duas vezes, e não muito ganho real. Se você configurou algo assim, deve ser bastante óbvio que você precisaria estabelecer chaves / senhas completamente separadas para o volume interno.