É mais provável que isso aconteça com a sensibilidade da revelação e tem sido um problema para muitas pessoas desde que eles removeram o recurso de autohide dodge. O problema é pior nos touchpads porque a quantidade e a velocidade da viagem são menores.
Finalmente, parece haver um relatório de bug que está sendo levado a sério: link
Houve relatos de bugs anteriormente, mas eles foram fechados após alguns pequenos ajustes. Os ajustes não pareciam fazer muita diferença.
Defina a sensibilidade de revelação para o máximo (configurações do sistema - > aparência - > guia comportamental) e se isso não funcionar, aumente a velocidade do mouse.
Se ainda não funcionar e você estiver em um touchpad, tente anexar um conjunto de mouse a uma velocidade alta e ver se isso funciona. (para testar, principalmente)
Você diz que mudou as coisas usando o Ubuntu. Eu acho que é possível que uma configuração tenha causado um conflito ou tenha tido uma ação indesejada neste caso. Tente redefinir o Unity para todos os padrões e veja se o problema desaparece:
unity --reset
Atenção! Isso desfará todas as alterações que você fez na unidade - tamanho do Launcher, comportamento, cores, tudo.